消毒是指通过物理、化学或生物学方法杀灭或清除环境中病原体的技术或措施。目的是消灭被传染源散播于外界环境中的病原体，以切断传播途径，阻止动物传染病的蔓延。发生重大动物疫情时对疫点、疫区等要进行紧急防疫消毒和终末消毒，受威胁区进行预防性消毒，具体方法是：
（ 1）畜舍消毒 先将畜舍内及周围环境的粪便、污物、垫料、污染的物品、用具等清除，污物量大时堆积发酵处理，量少时可烧毁或深埋。对地面、墙壁、门窗、饲槽等，一般常用10%～20%生石灰乳剂、5%～20%漂白粉或其他含氯消毒剂（按使用说明书要求使用）、2%～10%氢氧化钠溶液、3%～5%来苏儿溶液、2%～5%福尔马林溶液等进行严密的消毒或洗刷。用10%～20%生石灰乳涂刷畜舍围墙，为了消毒彻底，应以2h的间隔涂刷3次。消毒药液的用量，一般消毒天棚、墙壁时，每平方米面积用药液量为1升左右，畜舍地面(厩床)每平方米面积用药液2升。
（ 2）畜舍内空气消毒 先将动物转移到舍外，然后用以下药物消毒： 过氧乙酸 每立方米用量1～3克，配成3%～5%溶液，加热熏蒸，在相对湿度80%条件下，密闭1～2小时。 福尔马林 每立方米用量15毫升，加水80毫升，加热蒸发消毒4小时；或每立方米空间用福尔马林25毫升、高锰酸钾25克，水12.5毫升进行薰蒸消毒。 乳酸 每100 立方米用乳酸12毫升，加水20毫升，加热蒸发消毒30分钟。
（ 3）粪便消毒
焚烧法：常用于处理被炭疽、气肿疽等芽胞菌污染的粪便、饲料、污物等。 掩埋法：对数量不多的一般动物传染病病畜的粪便、污物、残余饲料等，可挖 1米以上深坑掩埋。但在处理被炭疽、气肿疽等芽胞菌以及病毒污染的粪便、饲料、物品等时，须挖2米以上深坑掩埋，并设标志，长期不能再挖掘。
生物热消毒法：对非芽孢病原微生物污染的粪便可用生物热消毒法进行消毒。
（ 4）污水消毒：对一般动物传染病病畜污染的污水，可按污水量加10%～20%的生石灰或1%～2%苛性钠搅拌消毒。屠宰场、兽医院、生物制品厂等单位，均应设有污水无害处理设备。
（ 5）车船消毒：对运输过动物传染病或疑似动物传染病的病畜、尸体、畜产品等 的车辆、船只，应在指定地点，先用消毒液喷洒后再进行清扫，然后用20%漂白粉溶液或10%苛性钠热溶液进行冲洗，每隔30分钟至1小时消毒一次，连续3次。清扫的粪便和污染物等加以焚烧。
（ 6）皮张、毛类消毒：对动物传染病病畜的皮张或被污染的皮毛类，用化学药物消毒。对传贫、马乙型脑炎患畜的皮张，通常置于10%新鲜热石灰乳内，在15～20℃温度下，浸泡24小时；口蹄疫患畜的皮张，可置于0.2%苛性钠的食盐饱和溶液中，浸泡24小时；猪丹毒病猪的皮张，可置于含1%盐酸和25%食盐溶液内，在15～20℃温度下，浸泡8小时；猪痘病猪的皮张一般放在50%碳酸钠溶液内，在17～20℃温度下，浸泡24小时。对被炭疽芽胞污染的皮张，通常放置在特制的“消毒袋”或“消毒箱”中，通入环氧乙烷消毒；对口蹄疫污染的毛类，常用福尔马林熏蒸消毒，每立方米用福尔马林25毫升，加水12.5毫升，放入盛有12.5克高锰酸钾的容器内，密闭门窗16～24小时；或按仓库每立方米用硫磺40克，将烧红的木炭放入硫磺内，使其燃烧，产生二氧化硫气体，封闭门窗24小时，均可达到消毒目的。
（ 7）动物体的消毒：对患病动物、病愈动物或解除封锁前的隔离动物等的体表，常用3%来苏儿溶液、1%福尔马林溶液、1%氢氧化钠溶液或20%～30%草木灰水等进行喷雾或洗刷消毒。