屠宰检疫是指在屠宰厂（场、点）对活体和宰后动物实施的检疫。屠宰检疫包括宰前检疫和宰后检疫：宰前检疫是指对宰前动物进行的活体健康检查；宰后检疫是对动物屠宰后的肉、脂、、脏器、头、蹄等的检疫。屠宰检疫实行驻厂同步检疫，即由当地动物卫生监督机构向边区内的定点屠宰厂派驻官方兽医，由驻厂官方兽医在屠宰现场实行与屠宰工艺流程相同步的检疫。为保证屠宰检疫的质量，要有与生产规模相适应的官方兽医，要设立足够的检疫部位，要落实检疫工作岗位责任制。为了确保肉类动物产品的安全卫生还要做好对进厂生猪等动物检疫状况、厂区动物防疫条件和不合格动物、动物产品无害化处理的监督。
正常情况下的动物检疫主要的是上述两类，作为前者的补充，还有补检和重检两种方式。所谓补检，指对已经进入流通、调运，但尚未出售、未经检疫的动物、动物产品实施的检疫。所谓重检，是指对证物不符、检疫合格证明失效的动物、动物产品实施的检疫。补检、重检的结果处理，与正常情况下的检疫有所不同，对合格的，出具检疫合格证明，对不合格的，在无害化处理的同时，还依据《动物防疫尖》及配套法规做出处理和处罚。